Pracownia Bioinformatyki

dr Anna Philips

dr Anna Philips

Kierownik Pracowni


aphilips@ibch.poznan.pl
tel. wew. ​1647

Działalność badawcza

Słowa kluczowe
  • NGS
  • WGS
  • RNA-seq
  • DE
  • Metagenomics
  • Transcriptomics
  • SNP
  • CNV
  • PCA
  • Docking
  • Structure Modeling

Oferta

NGS:

  • Analiza różnicowej ekspresji genów
  • Analiza różnicowej ekspresji transkryptów (alternatywny splicing)
  • Składanie transkryptomów ab initio (na podstawie genomu) i de novo (bez sekwencji genomu) i ich adnotacja
  • Identyfikacja nowych genów i form splicingowych
  • Analiza niekodujących RNA (miRNA, piRNA, circRNA ect.)
  • Identyfikacja sekwencji docelowych miRNA
  • Identyfikacja SNP
  • Identyfikacja CNV
  • Analiza WGS, egzonów (Exome-Seq) oraz wybranych genów (targeted sequencing)
  • Składanie genomów de novo i ich adnotacja
  • Analiza metagenomiczna

Modelowanie struktur:

  • Modelowanie struktur 3D białek i kwasów nukleinowych. Wprowadzanie modyfikacji
  • Analizy termodynamiczne
  • Dokowanie związków niskocząsteczkowych do białek/RNA
  • Przewidywanie struktury RNA na podstawie danych NGS

Inne:

  • Obróbka danych wielkoskalowych
  • Analizy statystyczne
  • Analiza danych biologicznych w języku Python i Bioconductorze (język R)
Skip to content