Tematyka badawcza

Badanie struktur molekularnych oraz oddziaływań makrocząsteczkowych, ze szczególnym uwzględnieniem RNA i odziaływań RNA-białko. Definiowanie nowych zagadnień bioinformatycznych związanych z badaniami struktur biocząsteczek oraz ich rozwiązywanie drogą opracowywania nowych modeli i metod obliczeniowych. Eksperymenty in silico wspomagane bądź nie eksperymentem biologicznym i chemicznym. Rozwój koncepcji oraz implementacja platformy RNApolis (http://rnapolis.pl/) – wirtualnego laboratorium bioinformatyki RNA.Rozwój systemów obliczeniowych dla współczesnych problemów biologii strukturalnej, m.in.:

• RNA FRABASE, RNAComposer, RNApdbee, RNAvista, RNAtango,
• modelowanie II- i III-rzędowej struktury RNA,
• udokładnianie gruboziarnistych modeli 3D RNA,
• analiza struktury makromolekuł w przestrzeni kątowej,
• anotowanie i klasyfikacja pseudowęzłów.

Słowa kluczowe

• modele i algorytmy dla biologii struktur,
• bazy danych strukturalnych,
• analiza parametrów struktur makrocząsteczek,
• komputerowe przewidywanie struktur molekularnych,
• porównywanie i ocena podobieństwa modeli 3D.