Zakład ​Bioinformatyki

prof. dr hab. inż. Jacek Błażewicz

prof. dr hab. inż. Jacek Błażewicz

Kierownik Zakładu

jblazewicz@cs.put.poznan.pl
tel. ​61 6653100

Pracownicy naukowi

prof. dr hab. inż. Piotr Formanowicz
 ​profesor

dr inż. Karol Kamel
adiunkt

Działalność badawcza

Tematyka badawcza
  • Modelowanie problemów z dziedziny biologii obliczeniowej
  • Opracowywanie i implementacja nowych algorytmów do rozwiązywania badanych problemów bioinformatycznych
  • Tworzenie narzędzi do analizy danych z eksperymentów biochemicznych i biofizycznych
  • Przewidywanie przestrzennej struktury białek
  • Analiza danych z eksperymentów przeprowadzanych na mikromacierzach
  • Tworzenie modeli i algorytmów wspomagających proces sekwencjonowania DNA na kilku etapach:
  • Analiza i obróbka danych z sekwenatora, m.in. opracowanie nowego sposobu przetwarzania danych z sekwenatora Illuminy
  • Asemblacja
  • Porównywanie sekwencji kwasów nukleinowych
  • Mapowanie DNA do genomu
  • Metody do badania alternatywnego splicingu kukurydzy
  • Projektowanie i konstruowanie specjalizowanych algorytmów i narzędzi oraz szeroko wykorzystywanych serwerów obliczeniowych służących przewidywaniu oraz kompleksowej analizie struktur 3D RNA
  • Tworzenie opartych na teorii grafów algorytmów analizy i projektowania sekwencji nukleotydowych
  • Modelowanie i analiza złożonych systemów biologicznych przy użyciu sieci Petriego, m.in. metabolizm żelaza, procesy związane z powstawaniem i rozwojem miażdżycy,
  • Badanie procesu degradacji RNA
  • Komputery DNA
  • Modelowanie i symulacje wczesnych systemów replikatorowych
  • Analiza danych pochodzących ze spektrometrów masowych
  • Opracowane narzędzia i algorytmy dostępne są na naszych serwerach: Bioserwer (http://bio.cs.put.poznan.pl/), RNApolis (http://rnapolis.pl/), a także na stronie obejmującej zestaw narzędzi związanych z konkursem RNA-Puzzles (https://chichaumiau.github.io/rnapuzzlestoolkit/blog/2018/07/22/rnaqua/)
Słowa kluczowe
  • Analiza strukturalna i funkcjonalna RNA i białek
  • Wysokoprzepustowe sekwencjonowanie
  • Modelowanie komparatywne
  • Biologia systemowa
  • Algorytmy analizy danych spektrometrycznych,
  • Analiza i projektowanie sekwencji nukleotydowych

Projekty badawcze

Skip to content