Z-d Biomolekularnego NMR

Zakład Biomolekularnego NMR

prof. dr hab. Zofia Gdaniec

Kierownik Zakładu

zofia.gdaniec@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1151, 1156

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Badania Zakładu koncentrują się wokół zagadnień związanych ze strukturą, funkcją i dynamiką biomolekuł, w szczególności kwasów nukleinowych. W badaniach wykorzystujemy głównie metody biomolekularnej spektroskopii NMR, wspieranej przez inne techniki biofizyczne i biochemiczne, takie jak np. spektroskopia UV i CD czy metody elektroforetyczne. Obecnie, główne tematy naszej działalności badawczej stanowią:

Analiza strukturalna i funkcjonalna strukturalnych hybryd RNA typu dupleks-kwadrupleks.
Projektowanie i synteza ligandów selektywnych względem kwadrupleksów RNA/DNA.
Badanie oddziaływań ligandów z oligonukleotydami RNA i DNA.
Badanie zdolności natywnych oraz modyfikowanych chemicznie cząsteczek RNA zbudowanych z powtórzeń trójnukleotydowych CGG, AGG i UGG do tworzenia struktur kwadrupleksów.
Badania strukturalne funkcjonalnych cząsteczek DNA, takich jak DNAzymy i apamery.
Analiza strukturalna modyfikowanych nukleozydów o wymuszonej konformacji.

Słowa kluczowe

spektroskopia NMR,
struktura i dynamika kwasów nukleinowych,
kwadrupleksy,
powtórzenia trójnukleotydowe CGG, AGG i UGG;
strukturalne hybrydy typu dupleks-kwadrupleks;
ligandy;
modyfikowane oligonukleotydy;
konformacja modyfikowanych nukleozydów;
DNAzymy;
aptamery DNA.

Projekty badawcze

Hybrydowe, dwufunkcyjne struktury RNA typu dupleks-kwadrupleks jako nowe narzędzie do wyciszania ekspresji genów; OPUS 7, UMO-2014/13/B/ST5/04144; 2015-2018.
Synteza i badania strukturalne oligonukleotydów o sekwencjach ramion antykodonów tRNA zawierających nowe modyfikowane nukleozydy: ct6A, ms2ct6A, ges2U; OPUS 13; konsorcjum z Wydziałem Chemicznym Politechniki Łódzkiej (lider).
Synteza oraz badania spektralne trójfunkcyjnych modyfikowanych oligonukleotydów antysensowych. Miniatura 1, DEC-2017/01/X/ST5/00589.
Synteza nowych 3,6,9-tripodstawionych pochodnych 9-H-karbazolu jako potencjalnych sond fluorescencyjnych do detekcji kwadrupleksów DNA i RNA, Miniatura 1, 2017/01/X/ST5/00577.
Badania strukturalne DNAzymów 8-17 i I-R2 metodami NMR, SONATA 14.

Wybrane publikacje

Andrałojć, W, Małgowska, M, Sarzyńska, J, Pasternak, K, Szpotkowski, K, Kierzek, R, Gdaniec, ZUnraveling the structural basis for the exceptional stability of RNA G-quadruplexes capped by a uridine tetrad at the 3′ terminus.RNA, 25, 121-134 (2019)
Gładysz, M, Andrałojć, W, Czapik, T, Gdaniec, Z, Kierzek,RThermodynamic and structural contributions of the 6-thioguanosine residue to helical properties of RNASci. Rep. , 9, art 4385 (2019)
Czyrko, J, Śliwiak, J, Imiołczyk, B, Gdaniec, Z, Jaskolski, M, Brzezinski, MMetal-cation regulation of enzyme dynamics is a key factor influencing the activity of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosaSci. Rep. , 8, art 11334 (2018)
Zhao, J, Xue, M, Gudanis, D, Gracz, H, Findenegg, G.H, Gdaniec, Z. Franzen, S,Dynamics of dehaloperoxidase-hemoglobin A derived from NMR relaxation spectroscopy and molecular dynamics simulationJ. Inorg. Biochem., 181, 65-73, (2018)
Lyons, S.M, Gudanis, D, Coyne, S.M, Gdaniec, Z, Ivanov, P,Identification of functional tetramolecular RNA G-quadruplexes derived from transfer RNAs.Nat. Commun., 8, 1127. (2017)
Jackowiak, P, Hojka-Osinska, A, Gasiorek, K, Stelmaszczuk, M, Gudanis, D, Gdaniec, Z, Figlerowicz, M,Effects of G-quadruplex topology on translational inhibition by tRNA fragments in mammalian and plant systems in vitro.Int. J. Biochem. Cell Biol., 92, 148–154 (2017)
Matuszewski, M, Wojciechowski, J, Miyauchi, K, Gdaniec, Z, Wolf, W. M, Suzuki, T, Sochacka, E,A hydantoin isoform of cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ct6A) is present in tRNAsNucleic Acids Res., 45, 2137–2149 (2017)
Małgowska, M, Czajczyńska, K, Gudanis, D, Tworak, A, Gdaniec, Z,Overview of the RNA G-quadruplex structuresActa Biochim. Pol., 63, 609–621 (2016)
Gudanis, D, Popenda, Ł, Szpotkowski, K, Kierzek, R, Gdaniec, Z,Structural characterization of a dimer of RNA duplexes composed of 8-bromoguanosine modified CGG trinucleotide repeats: a novel architecture of RNA quadruplexes.Nucleic Acids Res., 44, 2409-2416 (2016)
Szabat, M, Gudanis, D, Kotkowiak, W, Gdaniec, Z, Kierzek, R, Pasternak, A,Thermodynamic Features of Structural Motifs Formed by beta-L-RNAPloS One, 11, e0149478 (2016)
Baraniak, D, Baranowski, D, Ruszkowski, P, Boryski, J,3′-O- and 5′-O-Propargyl Derivatives of 5-Fluoro-2′-Deoxyuridine: Synthesis, Cytotoxic Evaluation and Conformational AnalysisNucleos. Nucleot. Nucl., 35, 4:178-194 (2016)
Baranowski, D.S, Kotkowiak, W, Kierzek, R, Pasternak, A,Hybridization properties of RNA containing 8-methoxyguanosine and 8-benzyloxyguanosine.PLoS ONE, 10, e0137674 (2015)
Małgowska, M, Gudanis, D, Kierzek, R, Wyszko, E, Gabelica, V, Gdaniec, Z,Distinctive structural motifs of RNA G-quadruplexes composed of AGG, CGG and UGG trinucleotide repeatsNucleic Acids Res., 42, 10196-10207 (2014)
Belter, A, Gudanis, D, Rolle, K, Piwecka, M, Gdaniec, Z, Naskręt-Barciszewska, M. Z, Barciszewski, J,Mature miRNAs form secondary structure, which suggests their function beyond RISCPLoS ONE, 9, e113848 (2014)
Kierzek, E, Małgowska, M, Lisowiec, J, Turner, D.H, Gdaniec, Z, Kierzek, R,The contribution of pseudouridine to stabilities and structure of RNAs.Nucleic Acids Res., 42, 3492-3501 (2014)
Brzezińska, J, Gdaniec, Z, Popenda, Ł, Markiewicz, W.T,Polyaminooligonucleotide: NMR structure of duplex DNA containing a nucleoside with spermine residue, N-[4,9,13-triazatridecan-1-yl]-2′-deoxycytidine.Biochem. Biophys. Acta General Subjects, 1840, 1163-1170 (2014)

IBCH logo

Zakład Biomolekularnego NMR

Pracownicy naukowi

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Biomolekularnego NMR

Pracownicy naukowi

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

rys2

NMR - logo

rys3

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address