Z-d Chemii Komponentów Kwasów Nukleinowych

Zakład Chemii Komponentów Kwasów Nukleinowych

dr hab. Michał Sobkowski, prof. ICHB PAN

Kierownik Zakładu

msob@ibch.poznan.pl
tel. wew. 1182

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Chemia nukleotydów

badania podstawowe nad metodami syntezy, właściwościami chemicznymi i fizykochemicznymi H-fosfonianów ze szczególnym uwzględnieniem H-fosfonianów nukleozydów i ich analogów
projektowanie i synteza nowych związków nukleotydowych (np. pronukleotydów) o potencjalnej aktywności przeciwwirusowej (np. anty-HIV) lub przeciwnowotworowej
badania ścieżek metabolicznych pronukleotydów w różnych środowiskach chemicznych i fizjologicznych
chemia i stereochemia P-chiralnych analogów nukleotydów
kataliza wewnątrzcząsteczkowa w stereospecyficznej syntezie wiązań internukleotydowych

Chemia nukleozydów

poszukiwanie nowych podejść syntetycznych w syntezie zasad kwasów nukleozydowych i nukleozydów (kontrolowana degradacja, przegrupowania);
synteza i charakterystyka analogów nukleozydowych o potencjalnej aktywności biologicznej, głównie analogów pirymidyny i puryny, pochodnych 1,2,3-triazolu, acyklonukleozydów, 2’-C-alkilorybonukleozydów i 2’,3’-dideoksynukleozydów;
synteza i aktywność biologiczna analogów dinukleozydomonofosforanów, w których wiązanie internukleotydowe zastąpiono układem 1,2,3-triazolowym;
badania mechanizmu i możliwości aplikacyjnych reakcji transglikozylacji;

Słowa kluczowe

chemia bioorganiczna,
chemia fosforoorganiczna,
stereochemia,
mechanizmy reakcji,
nukleozydy,
nukleotydy,
analogi nukleozydów,
analogi nukleotydów,
synteza nukleozydów,
pronukleozydy,
pronukleotydy,
oligonukleotydy,
kwasy nukleinowe,
nukleozydy acykliczne,
nukleozydy 1,2,3-triazolu,
aktywność antywirusowa,
aktywność antynowotworowa,
oddziaływania enzym-substrat,
transglikozylacja,
pronukleotydy anty-HIV,
pronukleotydy antynowotworowe,
H-fosfoniany,
stereochemia fosforu

Projekty badawcze

Chemiczna architektura fluorowanych analogów dimerów nukleozydów zawierających łączniki 1,2,3-triazolowych o potencjalnym zastosowaniu w biologii molekularnej i medycynie. Grant NCN SONATA 15 (2019/35/D/NZ7/03637), kierownik: dr Dagmara Baraniak

Wybrane publikacje

J. Golebiewska, A. Bartoszewicz, M. Kalek, J. Stawinski: „Second generation of nucleotide analogues”, Phosphorus, Sulfur, Silicon Relat. Elem. 197, 511-514, 2022.
https://doi.org/10.1080/10426507.2021.1989689
D. Baranowski, J. Boryski, T. Ostrowski: „7-(β-D-Ribofuranosyl)-3-methylguanine: Synthesis from guanine and comparative multinuclear NMR studies”, J. Mol. Struct. 1250, 131911, 2022.
https://doi.org/10.1016/j.molstruc.2021.131911
M. Rachwalak, J. Golebiewska, T. Jakubowski, J. Stawinski: „Synthesis of Pyridiniumboranephosphonate Diesters and Related Compounds using Trityl Cation as a Borane Hydride Acceptor”, Synthesis 53, 509-517, 2021.
https://doi.org/10.1055/s-0040-1706569
D. Baraniak, J. Boryski: „Triazole-Modified Nucleic Acids for the Application in Bioorganic and Medicinal Chemistry”, Biomedicines 9, 628, 2021. https://doi.org/10.3390/biomedicines9060628
J. Golebiewska, J. Stawinski: „Reaction of Boranephosphonate Diesters with Pyridines or Tertiary Amines in the Presence of Iodine: Synthetic and Mechanistic Studies”, J. Org. Chem., 85, 4312-4323, 2020.
https://doi.org/10.1021/acs.joc.9b03506
D. Wawrzyniak, G. Framski, P. Januszczyk, T. Ostrowski, D. Baraniak, Z. Jahnz-Wechmann, J. Fogt, A. Manikowski, D. Baranowski, K. Rolle, J. Boryski: 7-(β-D-Ribofuranosyl)guanine and its Analogues Modified in the Sugar Portion: Synthesis and Antiglioma Properties, ChemistrySelect 5, 13370-13375, 2020.
https://doi.org/10.1002/slct.202003393
A. Kraszewski, M. Sobkowski, J. Stawinski: H-Phosphonate Chemistry in the Synthesis of Electrically Neutral and Charged Antiviral and Anticancer Pronucleotides, Frontiers in Chemistry 8, 595738, 2020.
https://doi.org/10.3389/fchem.2020.595738
J. Romanowska, K. Kolodziej, M. Sobkowski, M. Rachwalak, T. Jakubowski, J. Golebiewska, A. Kraszewski, J. Boryski, A. Dabrowska, J. Stawinski: „Aryl H-phosphonates. 19. New anti-HIV pronucleotide phosphoramidate diesters containing amino- and hydroxypyridine auxiliaries”. Eur.J.Med.Chem. 164:47-58, 2019.
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2018.12.038
D. Baraniak, P. Ruszkowski, D. Baranowski, G. Framski, J. Boryski: Nucleoside dimers analogs containing floxuridine and thymidine with unnatural linker groups: synthesis and cancer line studies. Part III, Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids 38, 980-1005, 2019. https://doi.org/10.1080/15257770.2019.1641206
D. Baraniak, D. Baranowski, P. Ruszkowski, J. Boryski: Nucleoside dimers analogues with a 1,2,3-triazole linkage: conjugation of floxuridine and thymidine provides novel tools for cancer treatment. Part II, Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids 38, 807-835, 2019. https://doi.org/10.1080/15257770.2019.1610891
L. Michalska, D. Wawrzyniak, A. Szymanska-Michalak, J. Barciszewski, J. Boryski, D. Baraniak: „Synthesis and biological assay of new 2'-deoxyuridine dimers containing a 1,2,3-triazole linker. Part I”, Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids 38, 218-235, 2019. https://doi.org/10.1080/15257770.2018.1514122
J. Golebiewska, M. Rachwalak, T. Jakubowski, J. Romanowska, J. Stawinski: „Reaction of Boranephosphonate Diesters with Amines in the Presence of Iodine: The Case for the Intermediacy of H-Phosphonate Derivatives”, J. Org. Chem., 83, 5496-5505, 2018. https://doi.org/10.1021/acs.joc.8b00419
A. Szymanska-Michalak, D. Wawrzyniak, G. Framski, J. Stawinski, J. Barciszewski, A. Kraszewski: „New antiglioma zwitterionic pronucleotides with an FdUMP framework”, Eur. J. Med. Chem., 144, 682-691, 2018.
https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2017.12.070
M. Materna, J. Stawinski, A. Kiliszek, W. Rypniewski, M. Sobkowski: „Oxyonium phosphobetaines - unusually stable nucleophilic catalyst-phosphate complexes formed from H-phosphonates and N-oxides”, RSC Adv., 6, 14448-14451, 2016.
https://doi.org/10.1039/C5RA27465F
M. Sobkowski, A. Kraszewski, J. Stawinski: „Recent Advances in H-Phosphonate Chemistry. Part 1. H-Phosphonate Esters: Synthesis and Basic Reactions”, „Part 2. Synthesis of C-Phosphonate Derivatives”, Topics in Current Chemistry, 137-177 & 179-216, 2015. https://doi.org/10.1007/128_2014_562
&
https://doi.org/10.1007/128_2014_563
J. Romanowska, M. Sobkowski, A. Szymanska-Michalak, K. Kolodziej, A. Dabrowska, A. Lipniacki, A. Piasek, Z. M. Pietrusiewicz, M. Figlerowicz, A. Guranowski, J. Boryski, J. Stawinski, A. Kraszewski: „Aryl H-phosphonates 17: (N-Aryl)phosphoramidates of pyrimidine nucleoside analogues and their synthesis, selected properties, and anti-HIV activity”, J. Med. Chem. 54, 6482-6491, 2011.
https://doi.org/10.1021/jm2001103
M. Sobkowski. „Chemistry and stereochemistry of internucleotide bond formation by the H-phosphonate method”, New J. Chem. 34, 854-869, 2010.
https://doi.org/10.1039/b9nj00679f
J. Jankowska, M. Sobkowski, J. Stawinski, A. Kraszewski: „Studies on aryl H-phosphonates. 1. An efficient method for the preparation of deoxyribo- and ribonucleoside 3'-H-phosphonate monoesters by transesterification of diphenyl H-phosphonate”, Tetrahedron Lett. 35, 3355-3358, 1994.
https://doi.org/10.1016/S0040-4039(00)76906-1

IBCH logo

Zakład Chemii Komponentów Kwasów Nukleinowych

Pracownicy naukowi

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Profesorowie afiliowani

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład ​Chemii Komponentów Kwasów Nukleinowych

Pracownicy naukowi

Pracownicy techniczni

Doktoranci

Profesorowie afiliowani

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

Słowa kluczowe

Rys. 1

Rys. 2

Rys. 3

Rys. 4

Projekty badawcze

Wybrane publikacje

Adres

Address

Zakład Chemii Komponentów Kwasów Nukleinowych