Zakład ​​​Genomiki Strukturalnej RNA

dr hab. Marcin K. Chmielewski

Prof. dr hab. Elżbieta Kierzek

Kierownik Zakładu

elzbieta.kierzek@ibch.poznan.pl
tel. ​​wew.​ ​​1113, 1112

Pracownicy naukowi

dr Marta Soszyńska-Jóźwiak
adiunkt

dr Marta Szabat
adiunkt

Działalność badawcza

Tematyka badawcza
  • Genomika strukturalna RNA wirusów
  • Struktura drugorzędowa i trzeciorzędowa RNA oraz ich kompleksów z funkcjonalnymi białkami, innymi RNA i niskocząsteczkowymi ligandami
  • Modulowanie aktywności funkcjonalnej RNA, w tym także patogennych RNA związanych z chorobami człowieka
  • Genomika strukturalna RNA wirusa grypy, wpływ struktury RNA na namnażanie wirusa grypy.
  • Badanie struktury i oddziaływań segmentów vRNA(-) i RNA(+) oraz ważnych funkcjonalnie motywów strukturalnych RNA wirusa grypy in vitro i in vivo.
  • Określanie w strukturze wirusowych RNA grypy miejsc silnego wiązania modyfikowanych oligonukleotydów i ligandów
  • Rozwijanie metody mapowania mikromacierzowego z wykorzystaniem mikromacierzy izoenergetycznych
  • Projektowanie i optymalizacja modyfikowanych oligonukleotydów, siRNA, rybozymów i ligandów, jako potencjalnych inhibitorów cyklu życiowego wirusa grypy.
  • Badania struktury i oddziaływań naturalnych kompleksów vRNA(-) wirusa grypy i wirusowej nukleoproteiny (NP).
  • Inhibicja i regulacja namnażania wirusa grypy – badania komórkowe.
  • Modyfikowane oligonukleotydy - strategie antysensowe i mikromacierzowe.
  • Nośniki oligonukleotydowe i biokoniugaty
  • systemy CRISPR/Cas jako strategie inhibicji namnażania wirusów RNA
  • Analiza termodynamiczna i porównawcza badanych RNA, przewidywanie struktury drugorzędowej RNA.
  • Badania funkcjonalnych motywów strukturalnych RNA wirusa SARS-CoV-2.
  • Projektowanie modyfikowanych oligonukleotydów o inhibitorowym działaniu na replikację wirusa SARS-CoV-2.
  • Poszukiwanie niskocząsteczkowych ligandów hamujących namnażanie wirusa SARS-CoV-2.
  • Testy komórkowe potencjalnych inhibitorów replikacji wirusa SARS-CoV-2.
  • Miejsce wiązania w RNA i strukturalne podstawy hamowania replikacji przez inhibitory SARS-CoV-2 i wirusa grypy
Słowa kluczowe
  • Genomika strukturalna RNA, wirusy RNA,
  • wirus grypy,
  • IAV,
  • SARS-CoV-2,
  • COVID-19,
  • mikromacierze izoenergetyczne,
  • modyfikowane sondy mikromacierzowe,
  • termodynamika kwasów nukleinowych,
  • modyfikowane oligonukleotydy,
  • oligonukleotydy antysensowe,
  • siRNA,
  • niskocząsteczkowe ligandy,
  • struktura RNA,
  • oddziaływania RNA,
  • patogenne RNA

Projekty badawcze

  • Inhibicja replikacji SARS-CoV-2 nacelowana na wirusowe RNA, (NCN, SZYBKA ŚCIEŻKA DOSTĘPU DO FUNDUSZY NA BADANIA NAD COVID-19)
  • Funkcja struktury drugorzędowej vRNA wirusa grypy typu A w kompleksie rybonukleoproteinowym podczas cyklu replikacyjnego wirusa (NCN, Sonatina)
  • Modyfikowane siRNA, rybozymy i system CRISPR/Cas jako strategie inhibicji namnażania wirusa grypy typu A. Zastosowanie i porównanie metod inhibicji nakierowanych na wirusowe RNA (NCN, Preludium)
Skip to content