Zakład ​Metabolizmu RNA

dr hab. Zbigniew Warkocki

dr hab. Zbigniew Warkocki, prof. ICHB PAN

Kierownik Zakładu


zwarkocki@ibch.poznan.pl
tel.​ wew. 1263

Pracownicy naukowi

dr Damian Janecki
adiunkt

dr Arkadiusz Kajdasz
adiunkt

Działalność badawcza

Tematyka badawcza

W Zakładzie Metabolizmu RNA pragniemy poznać i zrozumieć molekularne procesy rządzące metabolizmem RNA.

Wiodącą tematyką badań jest (A) badanie wpływu urydylacji końców 3’ RNA na różne RNA w komórkach ludzkich oraz (B) potranskrypcyjna regulacja retrotranspozonów.

Urydylacja RNA polega na dołączeniu do końców 3’ RNA niezakodowanych w genomie reszt urydylowych. W komórkach ludzkich reakcję tą katalizują 3 enzymy w tym cytoplazmatyczne TUT4 i TUT7, które urydylują szereg różnych RNA w tym mRNA, snRNA, tRNA, rRNA, ncRNA I krótkie RNA. W większości przypadków urydylacja jest etapem w degradacji RNA i wzmaga ją. Znane są jednak przypadki, w których urydylacja nie wpływa destabilizująco na RNA lub efekt jej działania jest wielopłaszczyznowy. Przykładem jest udział monourydylacji w biogenezie mikro RNA oraz rola urydylacji w powstrzymywaniu retrotranspozonów od wbudowywania się w nowych miejscach w genomie. W tym ostatnim przypadku, poza efektem destabilizującym główną role odgrywa powstrzymywanie etapu odwrotnej transkrypcji.

Odkrycie związku pomiędzy urydylacją i retrotranspozonami sprawiło, że retrotranspozony stały się również tematem badań w Zakładzie. Sekwencje retrotranspozonów LINE-1 i Alu  stanowią blisko 1/5 ludzkiego genomu i są zdolne do propagowania własnych kopii poprzez mechanizm „kopiuj-wklej”. Ma to miejsce głównie na wczesnym etapie rozwoju człowieka, lecz również podczas starzenia komórek oraz w procesach chorobowych takich jak nowotworzenie, neurodegeneracja czy chroniczne zapalenie. O ile mechanizmy regulujące retrotranspozony na poziomie genetycznym zostały stosunkowo dobrze poznane, mechanizmy działające na poziomie potranskrypcyjnym już nie.

W Zakładzie wykorzystujemy modelowe ludzkie linie komórkowe, metody biologii komórkowej, molekularnej, biochemii oraz podejścia transkryptomiczne i proteomiczne aby odkrywać molekularne mechanizmy urydylacji i retrotranspozonów.

Słowa kluczowe
  • metabolizm RNA,
  • potranskrypcyjna regulacja ekspresji genów,
  • urydylacja RNA,
  • poliadenylacja RNA,
  • ludzkie retrotranspozony LINE-1 i Alu,
  • TAIL-seq,
  • 3’ RACE-seq,

Projekty badawcze

  • Badanie urydylacji RNA jako mechanizmu regulacji ekspresji genów u człowieka. NCN SONATA-13
  • Badania nad biologią mobilnego elementu genetycznego LINE-1 u człowieka. NCN OPUS-17
Skip to content